全基因组测序数据获取后应该怎么分析?
发布网友
发布时间：2022-04-25 19:23
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热心网友
时间：2023-10-14 09:35
你需要明确你最终要得到什么输出。
如果想用你现有的数据建模型进行诊断或预测，出门左拐生统和机器学习。
如果想用你现有的数据注释新的基因，出门右拐自然语言处理与基因组组装。
如果想用你现有的数据找疾病相关的基因／通路／网络，出门直走差异表达分析。然而首先你得有一架跑得起来的服务器，
其次，你得有自己看文献、不做伸手党的态度，
最后，如果刚开始接触NGS，建议先从某一类数据（比如RNA-seq）入手，吃透一类前不要动其他数据，不然做出来全是type I error时你是真的会哭的。
热心网友
时间：2023-10-14 09:35
需注意这几点：组装软件在组装过程中，是将测序数据看作来自同一个基因组的前提下进行组装的；如果有外源DNA污染，其中不同来源的DNA中会有不同程度的相似性序列和非相似性序列，这些复杂的关系会对组装软件产生干扰，而软件为保证组装的准确性，只能将可疑的部分切断成不同的碎片序列，导致最终组装结果只能获得碎片化的序列，而失去了组装本身想要达到的效果；如果能够找到足够近缘的参考基因组用于污染分离，也可以对上述的结果进行一定程度的改善。然而，由于外源DNA本身可能携带一定的相似序列，并且目标基因组和参考基因组间会存在潜在的差异，进而导致分离的结果会产生一定的假阳性和假阴性；综上所述，即使是在污染分离后进行组装，也是无法达到纯DNA的组装标准的。
