1、定义不同
杂交是通过不同基因型的个体之间的交配而取得某些双亲基因重新组合的个体的方法，通过生殖细胞相互融合而达到这一目的过程称为杂交。
转基因技术是将DNA的片段转入特定生物中，与其本身的基因组进行重组，再从重组体中进行数代的人工选育，从而获得具有稳定表现特定的遗传性状的个体。
2、繁殖方法不同
杂交是通过有性繁殖育种，而转基因是通过基因转移嫁接育种。
3、父本、母本不同
杂交是选择两种亲缘关系近的植物或动物进行杂交，逐代筛选综合了父本、母本优良性状的后代，不会脱离其本身所属种类。而转基因的基因片段可以是从特定生物体基因组中提取的，也可以是人工合成指定序列的DNA的片段，所以转基因技术可以创造出新物种。
4、结果不同
杂交在育种过程中结果是未知的，只有结果出来才知道是遗传了上一代的优良基因还是劣质基因，而转基因是人为挑选的基因序列进行育种，结果是可知的。