由于致病菌隐藏于组织深层，以及潜藏于尿道隐窝，尿道旁腺等部位，使得药物很难对其全面杀死，给康复留下了后患。同时急性尿道炎有可能伴发前列腺炎，当尿道炎治疗后，仍可因来自前列腺的感染而复发。
潜伏隐匿感染部分微生物引起的尿道炎经抗生素治疗后，因药效和疗法的缺陷细菌将进入潜伏感染状态，在饮酒、劳累、精神紧张等因素可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状，即尿道炎复发。
神经过敏因素某些尿道刺激症状源于精神因素，是神经官能症的一种特殊表现。一些具有过敏体质的病人，抗过敏治疗获得一定疗效，说明一部分病人与变态反应有关。
并发症的影响如若尿道炎病情反复，长期炎性损害，造成尿路黏膜、肾盂肾盏受损、纤维化、变形，尿路梗阻、畸形影响了正常的尿液引流和治疗，都给尿道炎的治疗带来影响，使得传统的药物治疗疗效不佳，治疗更加困难。
致病菌耐药由于发病初期治疗不规范，盲目用药、破坏内环境，并造成细菌耐药，疗效不佳，时好时坏，导致持续的尿道炎发生。
免疫力低下同时有些患者免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，对尿道炎的治疗也造成很多困难。
尿道炎有哪些危害1、危害男性的性功能由于男性患上尿道炎后会导致尿道狭窄，在性生活中男性因为炎症的刺激导致射精功能受到障碍，而且因为炎症的影响会让男性出现疼痛，在性生活中因为疼痛而被迫中断，从而诱发阳痿、早泄等性功能障碍疾病，影响到夫妻性生活的质量。
2、诱发身体疾病男性患上尿道炎不及时治疗或治疗不规范会诱发一系列身体疾病，如睾丸炎、附睾炎、前列腺炎等疾病，对男性的生殖健康造成了极大的危害，需要引起重视。
3、危害男性的身心健康尿道炎不及时治疗会给患者的工作及生活造成不可避免的危害，诱发的尿频、尿急、尿痛及排尿困难的现象会给患者的身心健康造成极大的危害，而且尿道炎会通过性生活传染给性伴侣，危害性伴侣的生殖健康。
4、导致男性不育的发生尿道炎症会传染到患者的其它部位，男性在性生活中因为受炎症的侵入会破坏精子的质量及数量，细菌对精液的破坏，从而降低了精子的活动力，这是导致男性不育的重要原因，需要引起重视。
温馨提示日常生活中应该多关注自己的身心健康，一旦发现自身存在尿道炎疾病时，及早治疗是关键，但切忌盲目，应该选择正规专业男科医院进行治疗，从而尽早的摆脱疾病困扰。