一般来说益生菌的服用最好是早饭后半小时用40度温水服用效果最好，因为有食物中和胃酸，时胃酸比较低，有利于益生菌顺利到达肠道。
宝宝吃益生菌的作用
1、提高机体低抗力，预防疾病。增强抵抗力，调节肠胃平衡。对宝宝腹泻特别有用，常用宝宝体质能明显加强。不过宝宝很小，选择益生菌很重要。最好给宝宝吃天然的益生菌，没有副作用和依赖性，再者要看看益生菌有没有国家食品药品监督管理局的批文，有才对宝宝有益处的。
2、促进营养吸收，增强体质。益生菌可以抑制有害菌在肠内的繁殖，减少毒素，促进肠道蠕动，从而提高肠道机能，促进消化，还能增强宝宝的免疫力。
3、保持健康的胃肠道功能，有助身体营养均衡，可以减少过敏反应。
益生菌什么时候吃最好
益生菌是调理宝宝肠道的，一般是宝宝拉肚子或者便秘的时候，给宝宝吃的，宝宝好好的肯定是不需要给宝宝吃的。益生菌的服用最好是早饭后半小时用40度温水服用效果最好的。宝宝3岁以上是需要每天服用2袋的，最好的时间就是早晚饭后半小时各一袋。水温一定不能过高。吃益生菌有益于肠道菌群的稳定，改善免疫力、促进肠胃消化吸收，预防各种疾病，什么时候都可以，饭后饮用效果更佳，注意是否过敏。
益生菌饮用的最佳时间是饭后，因为有食物中和胃酸，更有利于活菌顺利到达肠道发挥作用，所以饭后饮用效果更佳。另外要注意冷藏后直接饮用不要加热。益生菌能够通过改善宿主肠道菌群生态平衡而发挥有益作用，达到提高宿主健康水平。宝宝可以适量服用的。
益生菌饭后吃更好，因为这时胃酸比较低，有利于益生菌顺利到达肠道定植(通常空腹或进餐时胃内的PH值在5-6之间，适合乳酸菌生长的环境的ph值是3以上)，活菌较易抵达肠道。要注意益生菌不可与抗生素类的药同时服用，如果宝宝生病需要服用这类药物也要至少是相隔2个小时以上才可以。
补充益生菌的注意事项
科学补充
因为益生菌的最大特点是活菌。益生菌菌在保质期内应保持一定数量级，才能起到活菌应有的作用。所以从饮用的效果来说，益生菌要想到达肠胃产生良性作用，首先在销售过程中要保持存活，所以一般超市将酸奶放在0-4℃环境下，而许多小店都把益生菌酸奶放在常温下，益生菌存活有限。
一般益生菌酸奶的保质期在15-20天，所以消费者应该选择日期最近的益生菌酸奶。酸奶不能烧煮加热，也不能用微波炉加热，否则会结块，其中的乳酸杆菌也会被杀灭，失去原有的保健作用。因此酸奶只能冷饮，或放在温水中温热后饮用。
不是万能药
益生菌酸奶等食品属于一种保健食品，具有食疗作用。长期食用会对身体产生益处。不像药品一样具有很快的药效。若益生菌做成微生态制剂，就成为保健药品（我国对保健品和药品的界限较模糊），国内已被批准药准字的单一菌种的产品就有丽珠肠乐、回春生（双歧杆菌）、金双歧（双歧杆菌）、促菌生（蜡样芽胞杆菌）、整肠生（地衣芽胞杆菌）、降脂生（肠球菌）、抑菌生（枯草杆菌）等。多菌联合制剂有培菲康（双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪链球菌）和乳康生（蜡样芽胞杆菌和干酪乳杆菌）等。