根据现行法律规定,事业单位完全可以保留农村户口,这个取决于当事人自己的意愿,但只能保留一个户口
法律依据:
《中华人民共和国户口登记条例》 第六条 公民应当在经常居住的地方登记为常住人口,一个公民只能在一个地方登记为常住人口。