陈皮的保存最好离墙、离地、离顶进行存放，环境要干净、干爽、卫生，温度湿度适宜。
最适宜的陈化温度20℃至30℃之间，建议在25℃。高温控制点40℃以下，结合对有害附着生物清理，建议采用40℃高温和低湿度间歇性处理。
存储容器可以选择玻璃罐、陶罐、金属罐等。
1. 玻璃罐
陈皮存放于玻璃罐内，容器透明，方便观察照看打理，一旦发霉、生虫，可以快速了解情况，迅速处理。
除了真空密封玻璃罐以外，大部分的玻璃瓶没办法做到完全密封，所以建议在瓶口套一张纸，能吸潮的宣纸或绵纸都可以，能更好保护陈皮不受潮，同时保证陈化效果。
2. 陶器罐
陈皮存放于陶罐中容易陈化，因为陶土是一种“会呼吸”的材质，透气性较好，但用陶罐存放陈皮要放在干燥通风之处才能避免受潮。
3. 金属罐
放于密封金属罐，不容易受潮，容易打理，很多陈皮爱好者都会选择金属罐或金属盒。
但是注意储存陈皮的金属不能接近高温，因为金属容易导热，温度过高，陈皮容易被闷在罐内，陈化过程中可能会影响转化，影响陈皮的口感和味道。另外金属盒的密封性是较好的，相对地，透气性较差，陈皮少接触空气，陈化较慢。
箱子类存储可选择纸箱、木箱、泡沫箱等。
1. 纸箱
一般建议纸箱跟袋子类搭配，进行陈皮存放，毕竟纸箱的透气性也很好，只用纸箱密封性不够，陈皮便容易受潮，与袋子类搭配，纸箱能一定程度上起防潮作用。
纸箱也是生活中比较容易获得的物品，家庭储存陈皮，使用纸箱是比较理想的。
2. 木箱
如果是密封性较好的木箱或木盒，也可以拿来储存陈皮。
要确认木箱不要有过大的异味，因为有不少天然木头都自带特殊的香气，如松木、柏木、樟木等等，加上做成木箱可能还会上漆，会有油漆气味，如果有异味，储存陈皮时就容易串味了，影响陈皮的后续陈化。
3. 泡沫箱
泡沫箱的密封性不错，也有一定透气性，也可以用于储存陈皮。但泡沫是不可降解的化学材料，不太环保，建议用来进行运输或短期临时储存，而不是长期储存。
另外一定要选择干净的足够硬度的泡沫箱，如果是工业、医用的废弃泡沫箱，会残留毒性，切勿不可使用。