合作医疗交费查询方式如下：
1、个人可以免费向社会保险经办机构查询其缴费记录，社会保险经办机构应当及时定期将个人权益记录单免费寄送本人。社会保险经办机构应当妥善保管登记、申报的原始凭证和支付结算的会计凭证；
2、到当地社保局查询。携带自己的身份证或者社保卡等有效证件去当地社保局办理相关的查询业务；
3、电话查询；
4、官网查询。进入缴费所在地的人力资源和社会保障局官网，找到合作医疗查询，进入网站后注册自己的账号就可以开始查询。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第七十四条
社会保险经办机构通过业务经办、统计、调查获取社会保险工作所需的数据，有关单位和个人应当及时、如实提供。
社会保险经办机构应当及时为用人单位建立档案，完整、准确地记录参加社会保险的人员、缴费等社会保险数据，妥善保管登记、申报的原始凭证和支付结算的会计凭证。
社会保险经办机构应当及时、完整、准确地记录参加社会保险的个人缴费和用人单位为其缴费，以及享受社会保险待遇等个人权益记录，定期将个人权益记录单免费寄送本人。
用人单位和个人可以免费向社会保险经办机构查询、核对其缴费和享受社会保险待遇记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容