公积金还款是自动扣的，但是住房公积金账户余额要大于还款额度，确保正常扣款。借款人在贷款发放后的次月按月还款，具体有两种方式，由借款人自行选择：1、每月1-20日到贷款银行，使用现金偿还贷款本息；2、委托贷款银行代扣偿还。
法律依据：《住房公积金管理条例》第十二条，住房公积金管理委员会应当按照中国人民银行的有关规定，指定受委托办理住房公积金金融业务的商业银行（以下简称受委托银行）；住房公积金管理中心应当委托受委托银行办理住房公积金贷款、结算等金融业务和住房公积金账户的设立、缴存、归还等手续。
住房公积金管理中心应当与受委托银行签订委托合同。
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